L'AFSSAPS évalue la sécurité d'emploi, l'efficacité et la qualité des produits de santé.  Elle assure également la surveillance des évènements  indésirables ou inattendus liés à leur utilisation.  Elle exerce des activités de contrôle  en laboratoire et conduit des inspections sur les sites de fabrication  et de recherche.  
Enfin, elle mène des actions d'information auprès des professionnels de santé et du public  pour améliorer le bon usage des produits de santé.